José,

Suas palavras: "Na audiência de conciliação fizemos um acordo onde foi estipulado uma verba a ser paga em 20 parcelas e o registro na CP do tempo trabalhado com o respectivo recolhimento do INSS cota do empregado [...]".

Entendo que se foi reconhecido vínculo empregatício de todo o período, deveria sim ocorrer a informação na RAIS. Mas considerando que não foi incluído no acordo (e deveria), não vejo porquê fazer isso espontaneamente, inclusive, os prazos para saque já devem ter vencido e ele não iria conseguir sacar, podendo cobrar o valor diretamente da empresa, mas conforme exposto, não estava no acordo.
Sobre a multa da RAIS, sim: "O atraso na entrega da declaração, omissão ou declaração falsa ou inexata, sujeita o estabelecimento à multa, conforme determina a Portaria nº 14, de 10 de fevereiro de 2006, alterada pela Portaria nº 688, de 24 de abril de 2009."

Sugiro que procure seu advogado para conversar melhor sobre isso.